葬花少女（死神），她们是守护世界免于谜样生命体──军团侵袭的终极武器。在这个人类彻底败给军团的时代，人们只能在葬花少女们的保护之下茧居于被称作蝶蛹的圆顶之中。
住在东京蝶蛹里的高中生葛见为了帮助发生交通事故的车辆，遭到入侵圆顶的军团袭击。而当时拯救他的人就是葬花少女队队长艾莉丝。
葛见的正义感获得艾莉丝的认同，便向他提出协助葬花少女讨伐军团的请求。虽然葛见感到不知所措，但为了守护青梅竹马春野，还是毅然决然投身战场。然而在前方等待他的却是未知的严酷命运──
与美丽的终极武器一同面对世界的真实，一场黑暗动作故事即将盛开！
