世界受〈魔甲虫〉威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗〈魔甲虫〉的魔法师──空战魔导士。
就读空战魔导士培育机构──学园浮游都市〈密斯特岗〉的彼方．英司，是被冠上〈黑之剑圣〉称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为「特务小队的叛徒」而受到众人轻蔑、厌恶……
某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女──？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动！
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